1、病毒性腹泻
病毒抑制了胃肠液中酶的活性，酶不能分解淀粉里的糖，糖在肠道里就形成高浓度的糜汁，这会产生渗透压，吸引肠壁外面的水分进入肠道内，粪便因此变稀。所以病毒性腹泻仿佛消化不良，因为食物没有被分解。
2、细菌性腹泻
细菌导致肠壁表面的黏膜发炎、溃疡，渗出血水、脓水，形成血便、脓便，这也可称为细菌性痢疾。肠黏膜上的细菌分泌的毒素，参与一系列生化反应后最终导致肠黏膜分泌大量液体，形成泔水般或稀米汤般大便，这是常见的细菌性腹泻。大肠杆菌是常见的导致腹泻的细菌。在正常情况下，肠道内微生态是平衡的，大肠杆菌被限制在一定的数量以内，这时候它是不致病的。一旦平衡被打破，量变引起质变，它就变成了释放毒素的致病菌。
3、真菌性腹泻
主要是霉菌，导致肠炎，形成腹泻，大便像水一样稀，散发出发酵的霉味或酸味。
以上三种腹泻，破坏肠道微生态，如水土流失那样破坏植被，甚至如泥石流那样破坏植被。腹泻导致有益菌下降，而有益菌关系着免疫力，那么免疫力就下降，腹泻进一步加重。所以，一些具有微生态理念的消化内科医生，在腹泻初期会给患者补充益生菌制剂，像酪酸梭菌。然后再选择对病原物敏感而又不太伤害益生菌的抗生素。同时还要补充水分和电解质，常用的电解质就是盐。4、抗生素相关性腹泻
这种腹泻与抗生素密切相关。导致这种腹泻的抗生素一般是广谱抗生素，广谱抗生素在大量杀灭有害菌的同时，也杀死了有益菌。好菌本来是占优势的，现在不占优势，受损相对更大；好菌抗药性差，更易受损。于是，坏菌占了上风。这时，就不应再以药治菌，而应以菌治菌，通过补充益生菌，让有益菌占上风。像酪酸梭菌是肠道里本来就有的，也叫原籍菌，因而也不会存在依赖性这种说法。
5、炎症性肠病
就是肠道发炎的病。腹痛、腹泻，便中血、脓、黏液或有或没有。具体病因尚不清楚，但可发现细菌异常增殖，肠道异常运动，免疫功能异常亢奋甚至紊乱，这些姑且算作综合病因吧。此病很麻烦，以激素治疗为主，益生菌仅为辅助。更严重的常以激素治疗为主。
6、肠结核腹泻
人人知道肺结核，但是肺结核的传染基本控制住了，如今并没有肠结核的发病率高。病原菌也是结核杆菌，不仅使肠道结核，而且使肠黏膜发炎，导致腹泻。治疗肠结核必用抗生素，甚至要化疗，这势必杀伤有益菌，使腹泻更加严重。治疗这种腹泻最好的方法就是补充益生菌。
7、旅行者腹泻
旅行者到了外地，水土不服，引起腹泻。其实这只是传统的说法。古人不知道细菌，所以归咎于水土。现在看，其实是不服水里的、土里的细菌，当然，空气里、食物里、物品上也有细菌，这些细菌是当地特有的，是旅行者没接触过的，对此没有抵抗力，不耐受，所以一旦感染就致病。古代还说南方阴雨连绵的山林地区是烟瘴之地，北方人将一去不复返，这也是细菌使然。导致旅行者腹泻的细菌，因地域不同而不同。治疗旅行者腹泻，普通医生会首选抗生素，也能治愈，但肠道微生态学者一直呼吁首选益生菌制剂，最好选择原籍菌，如酪酸梭菌。
8、乳糖不耐受腹泻
牛奶里有乳糖，乳糖不被消化，喝牛奶就拉肚子，这就是乳糖不耐受腹泻。这种腹泻，是因为肠内缺少分解乳糖的乳糖酶。应该先服用几天酪酸梭菌，酪酸梭菌可以分泌乳糖酶，这样，肠道做好了准备再喝奶，就不会腹泻了。
在医疗临床上，酪酸梭菌已被广泛应用，除了治疗腹泻，还用于治疗便秘、肠炎、胃炎。
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