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病毒抑制了胃肠液中酶的活性，酶不能分解淀粉里的糖，糖在肠道里就形成高浓度的糜汁，这会产生渗透压，吸引肠壁外面的水分进入肠道内，粪便因此变稀。所以病毒性腹泻仿佛消化不良，因为食物没有被分解。
2、细菌性腹泻
细菌导致肠壁表面的黏膜发炎、溃疡，渗出血水、脓水，形成血便、脓便，这也可称为细菌性痢疾。肠黏膜上的细菌分泌的毒素，参与一系列生化反应后最终导致肠黏膜分泌大量液体，形成泔水般或稀米汤般大便，这是常见的细菌性腹泻。大肠杆菌是常见的导致腹泻的细菌。在正常情况下，肠道内微生态是平衡的，大肠杆菌被限制在一定的数量以内，这时候它是不致病的。一旦平衡被打破，量变引起质变，它就变成了释放毒素的致病菌。
3、真菌性腹泻
主要是霉菌，导致肠炎，形成腹泻，大便像水一样稀，散发出发酵的霉味或酸味。
以上三种腹泻，破坏肠道微生态，如水土流失那样破坏植被，甚至如泥石流那样破坏植被。腹泻导致有益菌下降，而有益菌关系着免疫力，那么免疫力就下降，那么腹泻就加重。所以，具有微生态理念的消化内科医生，在腹泻初期就给患者补充益生菌制剂，而双歧杆菌是益生菌制剂的主要品种。然后再选择对病原物敏感而又不太伤害益生菌的抗生素。同时还要补充水分和电解质，常用的电解质就是盐。
4、抗生素相关性腹泻
这种腹泻与抗生素密切相关。导致这种腹泻的抗生素一般是广谱抗生素，广谱抗生素大量使用、经常使用，这也就是滥用，在大量杀灭有害菌的同时，也大量杀灭有益菌。好菌坏菌一视同仁，同升同降，同进同退，同生同灭，不亦可乎？NO。好菌本来是占优势的，现在不占优势，受损相对更大；好菌抗药性差，更易受损。于是，坏菌占了上风。这时，就不应再以药治菌，而应以菌治菌，通过补充双歧杆菌，让双歧杆菌占上风。双歧杆菌是肠道里本来就有的，也叫原籍菌，它的原籍就是肠道，因而可以在肠道壁定植、繁殖，重新成为优势菌群，这时候导致腹泻的坏菌就被抑制，腹泻就可治愈。
5、炎症性肠病
就是肠子发炎的病。腹痛、腹泻，便中血、脓、黏液或有或没有。具体病因尚不清楚，但可发现细菌异常增殖，肠道异常运动，免疫功能异常亢奋甚至紊乱，这些姑且算作综合病因吧。此病很麻烦，以激素治疗为主，益生菌仅为辅助。麻烦的病常以激素治疗为主，如非典。
6、肠结核腹泻
人人知道肺结核，但是肺结核的传染基本控制住了，如今没有肠结核发病率高。病原菌也是结核杆菌，不仅使肠道结核，而且使肠黏膜发炎，导致腹泻。治疗肠结核必用抗生素，甚至要化疗，这势必杀伤有益菌，使腹泻更加重。治疗这种腹泻最好的方法就是补充益生菌，补充的量越大越好，补充的益生菌种类越多越好。
7、旅行者腹泻
旅行者到了外地，不服水土，引起腹泻。不服“水土”，这是传统的说法。古人不知道细菌，所以归咎于水土。现在看，其实是不服水里的、土里的细菌，当然，空气里、食物里、物品上也有细菌，这些细菌是当地特有的，是旅行者没接触过的，对此没有抵抗力，不耐受，所以一旦感染就致病。古代还说南方阴雨连绵的山林地区是烟瘴之地，北方人将一去不复返，这也是细菌使然。导致旅行者腹泻的细菌，因地域不同而不同。治疗旅行者腹泻，普通医生会首选抗生素，也能治愈，但肠道微生态学者一直呼吁首选益生菌制剂，最好选择原籍菌，如乳双歧杆菌。
8、乳糖不耐受腹泻
牛奶里有乳糖，乳糖不被消化，喝牛奶就拉肚子，这就是乳糖不耐受腹泻。这种腹泻，是因为肠内缺少分解乳糖的乳糖酶。应该先服用几天双歧杆菌，双歧杆菌可以分泌乳糖酶，这样，肠道做好了准备再喝奶，就不会腹泻了。
四）减轻乳糖不耐受：益生菌都有减轻乳糖不耐受的作用，不过嗜酸乳杆菌可以直接分泌乳糖酶，且定殖于小肠的上半部分，对缓解乳糖不耐受有更积极的效果。但是，嗜酸乳杆菌并不适合1岁以内的宝宝。
产品剂型的选择
益生菌产品类型很多，如粉剂、冲剂、胶囊、滴剂、口服液、饮品等，一般来说，粉剂型的益生菌产品多采用低温冷冻干燥技术加工而成，有助于减少生产过程活菌消耗，且增加微胶囊包埋技术能较好提升益生菌经人体胆汁、胃酸等环境后的存活率，使其安全到达肠道。但缺点就是需要冲调，不太方便。
益生菌服用的注意事项
（1）冲调水温尽量不要过高：益生菌不耐高温，服用时，冲调温度不宜太高，在40℃左右即可；含有益生菌奶粉应根据罐体表面的推荐温度来冲调；而如果一定要和奶粉一起冲调宝宝才肯吃，那么建议等奶粉冲调好，稍微冷却一下，用手腕内侧测试过奶温后，再倒入益生菌。
（2）即冲即饮：一般益生菌都是厌氧菌，冲调好的益生菌最好10分钟内服用完。
（3）尽量饭后服用：饭后30-60分钟，消化液产生减少，以及食物中和一定的胃酸，使PH直升高，此时补充益生菌就比较合适。
（4）不与抗生素同服：抗生素对益生菌有抑制作用，如果在治疗疾病期间服用了抗生素，建议2-3小时后再吃益生菌。
（5）注意配料表：过敏的宝宝，在腹泻期间应避开含有脱脂乳粉、全脂奶粉的益生菌产品，乳糖不耐受的宝宝需避开含有乳糖的。
益生菌吃多久有效？实际上，由于每个人的体质不同，肠道环境也有所区别，服用益生菌多久有效只能用一个理论的周期来看：服用益生菌之后，它们就会在肠道中与有害菌做斗争，经历“竞争期、优势期、巩固期、稳定期”这四个阶段之后，最终在肠道中定殖下来，一般需经历8-12周左右。
综合来看，益生菌产品标准方面与婴幼儿配方奶粉标准相比，有一定差距；各产品种类繁多，且质量水平有高有低；健康人体具有一定的调节能力等因素，所以对于益生菌产品来说，短期食用有助于缓解腹泻、便秘、改善肠道环境，但并不建议长期食用，且应注意选择。
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