克罗恩病与肠结核，拥有相似的临床表现（共同症状：腹痛、发热、大便改变、腹部包块；共同并发症：肠梗阻、出血、穿孔、肠瘘形成）、影像学特征（均可见肠管狭窄、变形、溃疡形成和充盈缺损）和病理特征（肠壁的肉芽肿、溃疡、慢性非特异性炎症等）。
在临床上，疑诊克罗恩病的患者在开始治疗前都经历过：询问结核病史、拍胸片或肺部CT、结核菌素试验或T-SPOT检查等，目的是为了避免将肠结核误诊为克罗恩病。
如果经过一系列的检查之后仍难以鉴别，一般予以予诊断性抗结核治疗，治疗2-4周症状明显改善，并于2-3月后肠镜复查病变痊愈或明显好转，支持肠结核诊断，可继续完成正规抗结核疗程。若症状没有改善，则停止抗结核，按照克罗恩病进行治疗。有手术指征的患者可行手术探查，绝大多数肠结核可在病变肠段或肠系膜淋巴结病理组织学检查发现干酪样坏死性肉芽肿而获病理确诊肠结核。
为什么克罗恩病和肠结核必须鉴别诊断？
虽然两种病的临床表现相似，但治疗手段和预后完全不同：克罗恩病是慢性非感染性疾病，目前尚无长期有效的根治措施，大部分患者需要终身服药，病程较长；而肠结核是慢性感染性疾病，经过正规抗结核治疗，大部分患者可以痊愈，病程短于克罗恩病。
为什么克罗恩病和肠结核经常出现鉴别诊断困难？
克罗恩病缺乏诊断的金标准，其诊断除了需要临床症状、实验室检查、影像学诊断、内镜检查、病理检查的证据之外，还有赖于其他疾病的鉴别诊断。肠结核虽然有诊断的金标准，然而由于病理取材的局限性，PPD试验、T-SPOT、病理切片找结核杆菌、病理切片抗酸染色等特异性检查的阴性结果并不能完全排除结核病，需要进一步判断结核相关检查的阴性结果是“真阴性”还是“假阴性”。
因此，当患者克罗恩病诊断证据不足，又无法确诊为肠结核时，就出现了克罗恩病和肠结核的鉴别诊断困难。
鉴别困难时，为何是诊断性治疗肠结核而不是诊断性治疗克罗恩病？
因为克罗恩病的免疫抑制治疗、生物制剂治疗会引起结核杆菌的全身播散，有时病情扩大的风险。而抗结核治疗却对克罗恩病病情影响不大。
哪些症状是肠结核特征性表现（肠结核诊断“金标准”）？
?肠壁或肠系膜淋巴结找到干酪样坏死性肉芽肿
?病变组织病理切片找到结核杆菌
?病变处取材培养结核菌阳性
?病变处取材动物接种有结核改变
?一般病例根据临床症状体征及X线有典型结核改变、肠外找到结核灶、诊断性抗结核治疗6周病情有改善
哪些证据可时医生会倾向克罗恩病诊断？
?肛周病变（尤其是肛瘘、肛周脓肿）
?并发瘘管、腹腔脓肿
?疑为CD的肠外表现（反复发作的口腔溃疡、皮肤结节性红斑等）
?结肠镜下典型的纵行溃疡
?结肠镜下典型的卵石样外观
?病变累及≥4个肠段
?病变累及直肠肛管。
哪些证据可时医生倾向肠结核诊断？
?伴活动性肺结核
?结核菌素（PPD）试验强阳性
?结肠镜下见典型的环形溃疡、回盲瓣口固定开放
?活检见肉芽肿分布在粘膜固有层且数目多、直径大（长径＞μm）、特别是有融合
?抗酸染色阳性
?活检组织结核杆菌DNA监测阳性
?T-SPOT阳性
?CT检查见腹腔肿大淋巴结坏死
内镜下病变特征与病理结果
纵形溃疡及铺路石样外观是CD的典型内镜征象，而环形溃疡是ITB的典型内镜特征。因此，准确掌握这三种内镜特征，对作出正确诊断有重要意义。
纵行溃疡指溃疡沿肠管纵向伸延，长度≥4cm，边界较清楚;铺路石样外观指病变从肠黏膜下隆起呈鹅卵石状，多个成纵行排列，连接较紧密;环形溃疡指溃疡横向伸延，环绕肠腔1/2周以上，溃疡边缘多不规则，分界不清，常为多个并常有融合，应与单个巨大溃疡鉴别。
肠结核镜见溃疡好发于回盲部，溃疡深大，呈环形分布，溃疡周边增值明显。病理见干酪样坏死。
其次，通过内镜检查可以判断受累肠道的节段数量。一般若病变累及4个或4个以上的肠段，则多提示为CD。
CD与ITB的病理结果通常回报为“慢性非特异性炎症”。若病理报告能够提示炎症浸润的深度、肉芽肿及其大小或部位、淋巴管扩张、裂隙样溃疡、神经节细胞增生等特异性的病理征象，则可为两病的鉴别提供一定的价值。
另外几种特殊的肠道炎症：
肠型淋巴瘤：临床上以发热和贫血为常见表现。内镜下见溃疡多发于回盲部，
溃疡孤立而深大，表面常覆污苔，周边增值反应明显。病理学见淋巴瘤细胞浸润。
肠型白塞氏病：起病隐匿，临床上以发热为常见表现，常伴有肠外表现，针刺试验阳性，免疫学检查常有异常。结肠镜下见溃疡多发于回盲部，溃疡孤立而深大，溃疡面常覆白苔，周边无明显增值反应。病理学见中央小动脉栓塞性坏死。
缺血性肠炎：以腹痛及血便为主要表现。常有高血压病或心血管疾病。腹部血管多普勒超声检查可见肠系膜血管供血不足。肠镜可见病变呈节段性分布，病变部分与正常肠段分界清楚，肠道呈弥漫性糜烂及溃疡。
虽然肠道溃疡性疾病各有其镜下的特点，但许多病例并不典型，即使多次结肠镜检查及活检有时也不能确诊。尤其是克罗恩病、肠结核、白塞氏病和肠型淋巴瘤这4种疾病，有时鉴别诊断非常困难，其确诊不仅需要结肠镜检查及活检，有时还需要结合肠外表现及特殊的实验室检查，甚至实验性治疗。
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