1，肠道菌群失调引起肠道胆汁酸代谢紊乱、短链脂肪酸含量减少、肠黏膜免疫功能失调，促进结肠上皮增生和对致癌物的易感性增加;同时，胆汁酸在肠道细菌的作用下产生环戊烯菲的致癌代谢物，增加肠胺浓度，引起结肠癌的发生。
2，导致结直肠肿瘤发生、发展的机制主要有以下二个方面:①肠道微生物紊乱使肠道黏膜促炎症反应信号传导机制异常，导致肠道黏膜上皮损伤加剧，最终出现瘤形成和恶变;②某些肠道微生物在参与营养物质代谢过程中的产物对肠道上皮细胞具有毒性作用，受损肠道黏膜上皮的不完全修复可导致其致瘤性化。
3，肠道菌群失调介导的慢性和低炎症状态容易刺激肿瘤的形成，主要与免疫细胞及其产生的细胞因子有关。
4，菌群失调会释放大量的细菌毒素，诱发结肠炎等炎性肠病，肠道屏障功能的损伤会引起非致病性细菌的转位，进而影响免疫系统稳态，使其向致癌相关的免疫反应转变，进而诱导结肠癌的发生。
5，结肠癌的发生与细菌代谢水平的改变密切相关。代谢能力的改变归因于肠道厌氧菌产生一系列的代谢酶，这些酶作用于不同的底物，如胆汁酸、脂肪酸等，产生致癌物质，进而引发结肠癌。
6，人类自身基因组相对稳,定，而共生微生物的基因组则更为灵活，可以通过定向调节肠道菌群基因组，达到预防治疗结肠癌的作用。体内研究发现，益生菌有良好的抗肿瘤效应。