肥胖的根本原因是能量摄入超过能量消耗，减肥的重点在于使热量达到负平衡(热量摄人量小于热量消耗量)，因此多数减肥方法都围绕能量摄入及能量消耗这两点或者直接从脂肪入手。比如说节食属于减少能量摄入;运动属于增加能量消耗;减肥手术，例如缩胃术、胃旁路手术、胃束带手术、胃内水球手术等，都是借用外科手段减少能量摄人，吸脂术是直接减少脂肪;减肥药作用机理更多，有的侧重于提高代谢率,有的侧重于抑制食欲,有的侧重于燃烧脂肪。
众多的减肥方法良莠不齐，不一定适用于所有人,有的甚至产生反效果，盲目的节食和手术严重的会对胃肠造成非常不利的影响。我国居民肠道问题严重，根据年发布的《国民肠道健康白皮书》显示，参与调查的人中，近95%的人存在肠道问题，健康形势严峻!很多人都存在便秘等肠道问题。数据显示，肠癌发生率在癌症中由20年前的第6位上升到现在的第3位，且增速是世界平均水平的两倍。中国的肠癌患者平均发病年龄仅为48.3岁，比美国整整早了20年。与10年前相比，患结肠癌、功能性肠病的人数在增加，需要给予足够的重视。
从上文我们知道，失衡的肠道微生物会导致人体发胖问题。换个思路来考虑，能否利用肠道微生物来解决肥胖问题呢?重塑肠道菌群又需要花费多少时间呢?美国杜克大学的研究者通过招募志愿者并收集志愿者不同时期的肠道微生物组,对饮食重塑肠道菌群的周期进行了研究。研究人员详细记录每名志愿者的饮食，志愿者在四天基线期内正常饮食，基线期过后,每名志愿者在五天内连续食用素食，包括燕麦、大米洋葱南瓜、大蒜、香蕉、芒果、豌豆、番茄、扁豆、木瓜等。与正常饮食期一致，研究人员记录志愿者的每日饮食及肠道菌群的变化情况。五日之后,志愿者回归正常饮食经历一个六日“清除期”，以确定食物消化引起的肠道菌群变化已迅速恢复。随后，每名志愿者连续五日食用肉制品:早餐食用熏肉和鸡蛋，午餐食用排骨和牛脯，晚餐选择性地食用意大利腊肠、火腿和奶酪，零食包括奶酪意大利腊肠和猪肉皮。通过分析收集来的肠道微生物种群及基因表达,结果发现改变食用动物产品后，一天内肠道菌群基因表达类型发生了显著变化，改变饮食三天或四天后,代谢副产物如短链脂肪酸也发生了变化。研究结果表明饮食可以影响肠道菌群的组成，并且效果显著,仅仅花费几天的时间就会对肠道菌群有一个重塑的影响。
目前多位研究者和医生建议对人类肠道菌群进行检测，评估乳酸杆菌、阿克曼氏菌等影响肠道健康的菌群状态,并根据检测结果有针对性地补充益生菌，从而将紊乱的肠道菌群调理至平衡状态,之后辅助改善饮食结构等方法维持肠道平衡,同时适量运动，就可以很好地帮助肥胖者达到减肥的目的。
此外,“粪菌转移”也是对抗肥胖的一种快速治疗方法利用这种方法，将正常体重志愿者的肠道细菌引人肥胖患者的体内。通过多次“累加”，并且帮助肥胖治疗者逐渐养成健康的饮食习惯,慢慢地对肥胖患者体内的肠道微生物进行调整,使之回到健康的状态,进而改善肥胖等系列疾病。目前这项工作的关键点在于粪便样本的来源及保存对于可用的粪便微生物需要控制好冷冻状态，避免样本暴露于有氧和高温的环境中，否则许多肠道微生物将无法存活。通过粪菌移植实现对于肠道微生物的调整，快速方便，成效显著且副作用极小，因此目前在市场上具有广阔的前景。
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